Hammaslääkäriliiton toimintaa johtaa valtuuston valitsema hallitus. Hammaslääkäriliiton hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa sekä kahdeksan jäsentä, joista yksi on opiskelijajäsen. 

Hammaslääkäriliiton puheenjohtaja on tammisaarelainen yksityishammaslääkäri Pirkko Grönroos.
Hänet tavoittaa sähköpostitse osoitteesta pirkko.gronroos.etutaka.fimnet.fi tai puhelimitse 0400 921 006.

Hallituksen työvaliokuntaan kuuluvat puheenjohtaja, molemmat varapuheenjohtajat sekä hallituksen kalenterivuoden ensimmäisessä kokouksessa valitsema jäsen sekä henkilökohtaiset varajäsenet. Työvaliokunnan tehtävänä on mm. valmistella hallituksen kokouksissa esille tulevat asiat. 

Hammaslääkäriliiton hallitus on asettanut myös muita valiokuntia, joiden tehtävänä on valmistella toimialaansa kuuluvia asioita.