Hammaslääkäriliiton toimintaa johtaa valtuuston valitsema hallitus. Hammaslääkäriliiton hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa sekä kahdeksan jäsentä, joista yksi on opiskelijajäsen. 

Hammaslääkäriliiton puheenjohtaja Sirpa Korhonen työskentelee terveyskeskushammaslääkärinä Tampereella. Hänet tavoittaa sähköpostitse osoitteesta sirpa.korhonen.etutaka.tampere.fi tai puhelimitse 040 8215868.

Hammaslääkäriliiton hallitus on asettanut myös valiokuntia, joiden tehtävänä on valmistella toimialaansa kuuluvia asioita.