Hammaslääkäriliiton toimielimet ovat jäsenten valitsema valtuusto, hallitus, valiokunnat ja paikallisosastot.

Ylintä päätösvaltaa käyttää 40-jäseninen valtuusto, joka valitaan vaalilla kolmivuotiskaudeksi kerrallaan.

Liiton hallitus vastaa valtuuston päätösten toimeenpanosta. Hallituksella on kokouksia noin kerran kuukaudessa. Kokousten asiat valmistellaan hallituksen työvaliokunnassa ja yhteistyössä Liiton toimiston kanssa. Lisäksi hallituksen asettamat, toimialansa kysymyksiä käsittelevät valiokunnat osallistuvat Liiton toiminnan ja linjausten valmisteluun.

Hammaslääkäriliitolla on 26 paikallisosastoa, jotka hoitavat paikallista edunvalvontaa ja neuvovat kollegoita paikallisissa ammatillisissa ja edunvalvontaan liittyvissä kysymyksissä. Myös luottamusmiesverkosto ja noin 150 hammaslääkäriluottamusmiestä toimivat paikallisessa edunvalvonnassa hammaslääkäreiden tukena.